Операция «Марита» развернулась также на территории Югославии и Греции. После того как немецкая армия завоевала эти страны в апреле 1941, Болгарии в соответствии с предшествующими соглашениями было разрешено ввести свои войска и администрацию в греческую Западную Фракию и югославскую Вардарскую Македонию. Болгарская пропаганда представляла Бориса царем-объединителем, но территориальные приобретения имели тяжелые последствия. После быстрого вывода оттуда значительного контингента немецких войск для военных операций против СССР в Югославии и Греции развернулось мощное движение Сопротивления, и болгарской армии пришлось вести борьбу с партизанами.

После нападения на СССР в июне 1941 Гитлер неоднократно требовал от царя Бориса отправки болгарских войск на Восточный фронт. Однако, опасаясь роста прорусских настроений, царь уклонялся от выполнения этого требования и Болгария фактически не участвовала в войне Германии против СССР. Когда в декабре 1941 Япония развязала войну с США, царь Борис из чувства солидарности уступил германским требованиям, и 13 декабря 1941 Болгария объявила войну США и Великобритании. Царь Борис предоставил в распоряжение немцев экономические ресурсы страны и ввел дискриминационные меры по отношению к немногочисленному еврейскому населению Болгарии, включая выселение евреев из больших городов. Однако он посчитался с общественным мнением, настроенным против выдачи евреев немцам, и ни один болгарский еврей не был депортирован.

Когда Германия стала терпеть военные поражения, царь Борис попытался прервать союз с Германией, но 28 августа 1943 после посещения штаб-квартиры Гитлера, скоропостижно скончался. Регентский совет, состоявший из брата Бориса принца Кирилла, премьер-министра Филова и генерала Николы Михова, с одобрения немцев взял на себя контроль в стране, правя от имени сына Бориса – Симеона, которому тогда исполнилось 6 лет. Филов и новый премьер-министр Добри Божилов стали четко следовать прогерманскому курсу, проводя любой ценой политику «лояльности» по отношению к Германии.